王祖贤目前是未婚。1998年3月19日，王祖贤在台北记者会上公开感谢男友齐秦，两人从1987年合作电影《芳草碧连天》开始交往，在一起分分合合近15年，2001年5月5日，王祖贤与齐秦出席了在高雄举办的第十二届台湾金曲奖颁奖典礼。2001年底，祖贤赴温哥华游学时（就读Langara College 兰加拉学院学习语言）正式告终。49岁的王祖贤虽已淡出影坛多年，但“小倩”的形象仍深植人心。前不久定居加拿大的她秘密回台过中秋，被网友拍到参加佛法活动，空灵气质依旧。今日，又有网友称疑似在地铁里拍到“野生”王祖贤!据网友描述，“王祖贤昨晚搭乘捷运，从古亭坐到七张站，对照最近的新闻照片还蛮像，不过我还蛮怀疑到底是不是真的本人?”从照片中可以看到，王祖贤身材保持的很好。
发型和月初礼佛时的样子有点差距，却和去年现身香港，脸型被疑整形走样时的模样十分相像。网友纷纷留言狠酸：“有人半夜不睡觉在这边假扮王祖贤?”、“贤妹，我完全可以，但这图我不可以”、“天啊……劣化成这样了!”也有人力挺偶像“她都几岁了……讲劣化不公平吧……谁不会老”、“她在台北，前几星期有看过她，身材还是很好。
虽然王祖贤打扮与身材都一如往昔，但是据在现场的记者透露，王祖贤的眼睛没有以往的那样有神，鼻子也似乎挺拔了不少，脸颊更是紧绷的有些变形，就连嘴巴都被连带着显得特别畸形。看来王祖贤整容可能是真有其事了。当发现有记者拍照时，王祖贤大方挥手以示友好，而当记者问她是否有意重返娱乐圈时，她只表示感谢，并未多说其他。整形美容，早已不是那个人们谈之鄙夷、闻之唾弃的词语，在这个越来越自由和开放的时代，在这个只要可以美丽任何方法都无所谓的年代里，整形美容，不过是人们变美的又一途径而已。
