2004年，这是最坏的年代。陈永仁(梁朝伟饰)被杀后两年，刘建明(刘德华饰)被警队内部调查，架空职权，被派无关重要的庶务工作。与妻子MARY的婚姻破裂，连与一岁女儿见面的机会也没有。身心俱疲的刘建明，每日的生活虽像走向地狱一样，但他相信坚持就会扭转局面！这时，警队内，一颗明日之星正在崛起，年轻警司杨锦荣(黎明饰)凭着一页页丰功伟绩，以不到四十之龄，正迈向警队最高层；刘建明看在眼里，好像看见以前的自己……一次机缘，刘建明与杨锦荣结为好友，却发现杨锦荣神秘的一面，种种证据显示，推测杨锦荣可能和自己一样，都是黑帮派入警队的卧底！决定重新做人的刘建明决暗中追查杨锦荣身世之谜，千辛万苦找到一个又一个证据，可是每次最接近真相的时候，总是功亏一篑，还引来警队高层对刘建明的极度不满。一次又一次打击，渐渐，刘建明觉得杨锦荣根本毫无可疑，渐渐开始怀疑自己……
2001年，这是最好的年代。陈永仁跟随韩琛(曾志伟饰)已有两年时间，可是韩琛根本从来不会轻易相信任何人，只派一些鸡毛算蒜皮的工作给他。为了得到信任，陈永仁不惜以身试法，一次又一次犯上违背自己的罪行。上司黄志诚(黄秋生饰)发觉他已渐失控，千方百计要拉陈永仁出局，两人之间势成水火。陈永仁也渐渐迷失了自己，直至遇上Dr. Lee李心儿(陈慧琳饰)。因为一次严重的暴力罪行，陈永仁被判进行心理辅导，本来陈永仁根本不想理会法庭的判决，但禁不住负责这个案子的李心儿苦苦相缠，陈永仁终被说服，接受治疗。在催眠治疗期间，陈永仁梦中泄露了真正身份，李心儿半信半疑间，对陈永仁发生了兴趣。一个清醒的女人，和一个沉睡的男人之间，微妙感情油然而生。韩琛又派下一个任务，陈永仁知这是最后一个机会，为了得到韩琛最终的信任，陈永仁决定背叛黄SIR，大开杀戒……刘建明走向地狱，陈永仁走向天堂！两个警察都想重新做人，最后结局，将会为无间年代划上句号。
《无间道3：终极无间》讲述了一个普通而又精彩的正义战胜邪恶的故事，在这个背景上，编剧根据自己的想象，勾勒出一幅生动的风情画，表现出一个消逝的、令人伤感的英雄世界。影片中导演刘伟强娴熟、巧妙地运用了大量闪回境头，以人物思绪的变化作为事件的衔接点，时空交错表现得自然、流畅，不显丝毫斧凿痕迹，很多场面给人留下了难忘的印象，显示出刘伟强等导演过人的艺术功力。该片摄影和音乐的出色运用构成了刘伟强的银幕世界，特别是影片用旋律表现幽怨的主题方面，导演刘伟强充分展现了自己的功力。片中刘建明不断回忆起被陈永仁质问的场面，音乐烘托的运用淋漓尽致地表现了刘建明失落的心境，令观者为之神伤
