紧急避孕药的作用机理是抑制排卵；阻止受精；阻止受精卵在子宫内膜着床。
而避孕药副作用视个人自身情况而定，一般包括恶心、肠胃不适、头痛、乳房压痛、体重微增、神经紧张、情绪低潮、月经不来、皮肤易有褐斑和粉刺等现象。此外，避孕药也可能会造成癌症，如乳癌、子宫颈癌、肝脏腺瘤。而紧急避孕药由于剂量的问题，一旦服用过量，副作用会更加明显。因此医学上有明文的规定，避孕药一定要尽量少服用。规定一个月最多只能服用一次，一年不能超过三次。
一个月内反复多次服用，个别人甚至当成一般避孕药经常服用，结果等于过量服药，对身体健康自然会造成损伤。并且紧急避孕药对月经周期有一定改变，可能提早或延迟，多次服用会导致月经紊乱、出血延长。如果在服药过程中出现了异常，应该到医院检查。
如果本来肝肾的代谢系统或者凝血系统就有问题者，应尽量勿服用避孕药。而脑血管病或冠心病、高血压而未治疗、糖尿病并有血管问题、大于35岁且抽烟、已怀孕或可能怀孕、肝脏疾病、肠吸收不好等情形的人也应慎重服用。
一个月内只能使用一次紧急避孕药，但有些新婚夫妇却往往在一个月内使用两次，甚至更多次的紧急避孕药。对此，医学专家提醒大家，计划生育是夫妻间一项“系统、长期的工程”，不应寄希望于经常使用紧急避孕药，超量及频繁使用可能会给身体带来损害。
所以女性朋友们要注意了，虽然紧急避孕药是在无避孕或避孕失败的房事后短期内采用的防止怀孕的短效补救措施。但它会严重危害到女性朋友的身体健康，只能偶然使用，并且只对前一次房事有补救作用，对服药后的房事没有效果，不能代替常规的避孕方法。
