首先，隐睾可能引起不育症。一般来说，阴囊温度低于人体体温2摄氏度~ 3摄氏度，这种温度差异正是确保精子产生的重要条件之一。对于双侧隐睾患者，由于睾丸所处环境温度升高，使得睾丸上皮萎缩，可能阻碍精子的产生，导致不育；而单侧隐睾者，下降不全的睾丸受不良温差影响，破坏了血睾屏障，体内因而产生相应的杭精子抗体或抗睾丸因子，一旦该因子入血，将使对侧睾丸“制造”出的精子失去活力。
其次，是睾丸创伤。位于腹股沟的睾丸，由于位置表浅，且腹股沟后壁比阴囊坚硬而弹性较差，故而缺乏缓冲性，容易受到创伤损害，甚至发生睾丸扭转、坏死。
再次，是发生恶变的概率增加，隐睾癌变的概率比正常者高出20－50倍。
最后，患者因隐睾造成的心理自卑感及婚后不育等问题，均会给患者及家人带来一定的精神创伤。
