1.发型设计：自体毛发移植手术首先设计整体发型线及移植部位的发型。测量仪在后枕部测量头发的密度，根据每平方厘米头发的数量，算出所提取毛囊组织的面积。再就是自体毛发移植手术毛囊的提取，清洁头皮后，医师在后枕部进行局部麻醉注射，提取移植的毛囊。
2.自体毛发移植手术分离毛囊：这一部份自体毛发移植手术最关键也最辛苦，目前仍然以人工方式处理，皮辧取下以后，必须分离出一株株的毛囊单位。分离时间愈短毛囊移植后的存活率愈高，也需要精细的技巧， 避免在分离时伤害到毛囊。
3.将毛囊植入头皮：这又是自体毛发移植手术很伤眼力的工作，医师必须先在前额秃发区作显微切口，再将毛发一株一株植入。目前还是以人工植入的存活率最高，密度最好，这需要相当的技术，种坏了就无法补救。
4.自体毛发移植手术后护理：自体毛发移植手术后可以马上回家，无需包扎，自体毛发移植手术24小时后就可用凉开水冲洗头发，第4天就可以正常洗头，第10天后拆除后枕部的缝线。
自体毛发移植手术后种入的头发暂时进入休止期，等待2～3月后会开始长出新头发，自体毛发移植手术植入的头发有正常的生理特性，会永久生长、不受到男性荷尔蒙代谢的影响。
成功的自体毛发移植手术，毛囊的存活率可高于95%，因为对于雄性秃患者来说，每一根头发都很宝贵，禁不起随便耗损。
