有报道肛瘘手术后的复发率高达10%，而且有的还留下漏粪、漏液、肛门失禁、肛门狭窄的后遗症，那么如何才能既手术根治好肛瘘使之不复发，又能避免发生这些后遗症呢？
要达到这个目的，必须做到以下几点，这几点就是肛瘘手术的基本原则：
1、彻底切除感染的肛隐窝，肛腺和肛腺导管，即正确找到和处理好内口，这是防止今后复发的关键。
2、保护肛门括约肌和肛管直肠环，否则，易导致肛门失禁的后遗症，给患者带来新的痛苦。
3、用探针探查瘘道和内口时宜轻柔仔细，正确寻找到瘘道后彻底清除管壁内纤维组织、腐肉和坏死组织，绝对不能粗暴，用探针探出一条“假瘘道”，结果切除的是假瘘道，导致真实的瘘道得不到处理。
4、一般主张在肛瘘充分形成后（最好是肛门直肠周围脓肿破溃或切排后二至三个月），作一次性根治术，以减少病人的痛苦和复发率。在急性脓肿期作根治切除术并非良策。
5、术后创面要注意保持引流通畅，避免假性或桥形愈合以免复发。
