对于肛瘘是否会恶变的问题，肛肠专家有如下的解释：多数肛瘘是不会恶变的。但不可否认，仍有少数肛瘘病人可发展为恶性病变，特别是近年来，有关肛瘘10年以上恶变的报道逐年增多。
其导致恶变的原因，大致有以下3个方面：①长期的慢性炎症刺激。炎症的长期存在，使得脓性分泌物及粪便从瘘管排出，从而刺激组织细胞异常增生，导致恶性病变。②细菌感染。细菌长期存在于瘘管内，特别是绿脓杆菌或结核杆菌感染，可缠绵不愈，从而导致恶变。③药物刺激。长期、大量使用各种局部外用药，经常刺激局部，导致恶变。
肛瘘患者都有自己切身的体会与痛苦。一旦肛瘘形成，自愈的机会极少，瘘管复杂化后，带来许多麻烦与一定的危害性。
首先是脓水污染内裤，剧烈活动后可促使脓汁外溢，局部经常受到刺激，皮肤磨擦、瘙痒，非常痛苦，影响工作和学习，久而久之可使身体虚弱消瘦，精神不振，抗病能力下降，出现贫血，发作亦越加频繁，形成互为因果。
其实由于多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而形成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来了困难，而且也影响到肛门的正常生理功能。肛瘘的多发性，可形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀肤瘘，危及周围脏器。并且肛瘘有恶变倾向。为了患者的健康，及时到专科医院接受治疗是最关键，最有效的方法。
