2008年，广州市疾病预防控制中心与广东出入境检验检疫部门从入境的可疑发热人员中发现基孔肯雅热输入病例。2008年和2010年分别发现4例和3例的输入性确诊病例，输入地主要为东南亚、非洲等地。此后，出入境检验检疫部门和疾控中心密切监控全球发病动态，加强对可疑入境病人的筛查检测。广州市尚未发现本地感染的基孔肯雅热病例。
目前正值亚运会前期，为加强防控力度，广州市各级医疗机构组织开展医务人员进行基孔肯雅热诊疗知识的培训学习；广州市疾病预防控制中心选择了4家亚运会定点收治医院进行应急监测。此外，还加强了白纹伊蚊的监测。同时，市爱卫会正在组织开展全城灭蚊行动。
