支原体、衣原体感染会造成炎症。在女性生殖道中，衣原体最容易侵犯的部位是子宫颈，可引起局部炎症，并可由此向上蔓延，引起子宫内膜炎、输卵管炎，导致分泌物增多，宫颈黏液、阴道黏液的改变，使精子的生存和运动都有一定障碍。
有报道证实，在17例因盆腔感染合并输卵管不通而致的不孕中，11例被检出衣原体感染。可见衣原体感染是引起女性不孕的原因之一。另外，衣原体、支原体感染还会造成精子畸形，导致精子发育、运动受到障碍，精子形态也将发生变化，从而影响精子的运动，造成了精子的活力不强。
衣原体感染不仅可通过性生活传播，还可通过手、毛巾、衣物、浴器等接触传播。因此在日常生活中，男女方都应讲究卫生，不要混用生活用品，如果有一方感染了衣原体，在治愈前最好不过性生活，以免传染给对方，导致不孕。
