沙眼衣原体是女性生殖道感染的常见病原体，近年来已成为导致女性不孕不育的重要因素之一，其作用机制如下。
沙眼衣原体是造成女性生殖道感染最常见的病原体之一，而急、慢性生殖道感染可能引起生殖道粘连或是梗阻，若治疗不及时，最终可能导致女性不孕不育。当沙眼衣原体感染伴解脲衣原体感染时会加重不孕不育，这是因为在沙眼衣原体和解脲衣原体的共同作用下，会加重女性生殖道的损伤，不仅改变了受精的环境而影响精卵结合，还可能引起局部免疫反应使受精卵不能正常着床。有研究发现沙眼衣原体感染和宫颈糜烂的关系密切，宫颈糜烂越严重，沙眼衣原体的感染率越高。约有26%~62%的急性输卵管炎与沙眼衣原体有关，而急性输卵管炎可转化为慢性，从而引起输卵管粘连、阻塞，是引起女性不孕不育的重要因素之一。
有调查结果显示，女性不孕不育患者沙眼衣原体的感染率明显高于正常女性，而且沙眼衣原体阳性的女性不孕不育患者经过治疗，转阴者的妊娠率明显高于没有转阴的患者。
