通常不严重。几乎所有病人不需治疗便可康复。手足口病通常在7-10天内痊愈。并发症不常见。极少病人可并发无菌性或病毒性脑膜炎，其症状是发热、头痛、颈直或背痛。其他常见的并发症有：心肌炎、脑炎或脑膜炎、肺炎、肺水肿、脊髓灰质炎样肢体瘫痪、过敏性紫癜等，多发生于发病后2～5 天，如不及时治疗，可能致命。死亡率极低，仅十万分之一或几万分之一。
