肛瘘多为一般化脓性感染所致，肛瘘应积极治疗，一般常用挂线及切除的方法。挂线多在门诊做，术前要做好配合，不要精神紧张。术前日晚间洗澡更衣，尤其是肛门及周围皮肤要用肥皂多洗几遍，晨起将大便排净，再清洗肛门及周围皮肤。
肛瘘发炎化脓时，如外口闭塞，可用消毒的针头挑破外口，排出脓液，同时可用清热解毒的中药（黄柏15克、蒲公英10克、朴硝30克、大黄30克、地丁草15克）煎汤外洗。如肛瘘的分泌物多时，内裤要勤换、勤洗暴晒，也可用肛门带保护肛门，以免过多污染内裤。肛门带亦要经常换洗，不要让脓液、分泌物积留患部。
术后要保持大使通畅，可服缓泻剂如石蜡油，蜂蜜等，痛时服止痛片。手术后第二天开始坐浴，每日早晚及使后各做1次，浴后擦干局部，涂以2%黄连素软膏。5～7天到医院紧一次线，直到橡皮筋脱落、肛瘘勒开为止。脱线后局部可涂生肌散或消炎药膏，一般三周左右伤口可愈合。
积极防止肛瘘的形成，肛门周围组织感染要及时治疗，平时注意肛门及阴部卫生。肛瘘的分泌物多时，内裤要勤换、勤洗暴晒，也可用肛门带保护肛门，以免过多污染内裤。肛门带亦要经常换洗，不要让脓液、分泌物积留患部。
有人推测性激素的影响是肛瘘发生的主要原因。肛瘘是肛门直肠周围脓肿的后遗疾患，所以肛门直肠周围脓肿是引起肛瘘的根本原因。脓肿破溃或切开后不能愈合，最终形成瘘管，其主要原因：
1、结核杆菌、放线菌等感染所形成的脓肿，克隆氏病等难以自愈而形成特殊性肛瘘。
2、肛门直肠周围脓肿破溃或切开多在肛门外，脓液从外口流出，但原发感染多在肛窦。肛窦则是继发感染的门户，反复感染，形成瘘道。
3、肛门直肠周围脓肿破溃后，脓液排出，脓腔逐渐缩小，外部破溃口和切口也缩小，腔壁形成结缔组织增生的坚硬管道壁，因而不能自然闭合。
4、瘘道弯曲、或有窦、分支，引流不通畅，脓液潴留，反复感染，造成瘘道不易愈合。
5、瘘道多在肛门括约肌之间通过，由于括约肌经常不断地收缩与舒张，压迫瘘道，影响脓液的排除，容易贮脓感染而难以愈合。
6、直肠内有一定的压力，将直肠感染物质如粪便、气体，可经常不断地从内口进入瘘道，刺激腔壁，继发感染后由外口排出，也是造成瘘道的原因。
7、肛门静脉回流不畅，局部经常淤血，组织营养不良，影响愈合。
