病毒感染
病毒感染是诱发儿童与青少年睾丸萎缩最为常见的病因，尤其是流行性腮腺炎病毒，俗称“痄腮”病。当睾丸受此病毒侵袭后，睾丸内的生精组织会受到破坏，睾丸体积缩小，质地变软。
炎症
重度睾丸炎，发病时睾丸肿胀、疼痛，可以持续多日。由于细菌侵犯而造成睾丸组织破坏，导致睾丸组织发生萎缩。
放射性物质影响
凡是较长时间接触放射性物质者，例如长期从事X线、同位素等职业人员，如未作很好保护，会引起睾丸萎缩症。#p#副标题#e#
内分泌疾病
睾丸是一种内分泌器官，主要产生雄性激素，而身体上许多指挥内分泌的器官，如脑垂体、肾上腺、丘脑下部等出现疾病，都会干扰睾丸的功能，引起睾丸萎缩。
药物影响
长期服用某些有毒性药物，例如砷剂，或者反复使用对抗雄激素的雌激素类药物，例如乙芪酚等，都会引起睾丸萎缩。
某些疾病
睾丸萎缩的原因可能是精索静脉的郁滞、阴囊温度较正常人为高、睾丸营养障碍以及毒素等原因所致。如精索静脉曲张，有时也可造成睾丸萎缩、男性精索里的静脉因某种原因所致的回流受阻，可发生蔓状盘曲扩张，称精索静脉曲张。在男性不育症中，有精索静脉曲张的，约占15%～20%。严重的精索静脉曲张不育者的睾丸一般多有萎缩现象。
后天性睾丸萎缩多由于创伤、睾丸疾患及感染所引起。睾丸受到闭合性外伤，可造成睾丸出血及梗死。铁钉、铁丝等锐器也可刺伤睾丸。外伤还能引起精索扭转而阻碍血液供应，并危及睾丸的存活。故睾丸损伤应及早治疗。
