胆汁反流性胃炎与其他胃炎相比内镜下表现并无显著特异性。开始为浅表性，表现为胃黏膜或吻合口周围明显充血、水肿、粗糙、脆弱、容易出血，可有多发性糜烂。病程较久者可渐趋向萎缩，形成慢性浅表萎缩性胃炎，粘膜呈红白相间或灰白色，粘膜变薄，可透见血管网，或伴粘膜糜烂、溃疡。
同一患者可有数型胃炎并存，并常伴有肠腺化生，后者在内镜下呈灰或黄白色的轻微隆起性结节，约芝麻至米粒大小，夹杂在充血的炎症粘膜之间，以吻合口周围及胃窦较多。
反流性胃炎胃镜所见与组织学改变呈正相关，胃炎的严重程度与病程也呈正相关。反流性胃炎的胃黏膜病理改变多无特异性，但有报告其较独特的病理表现为胃小凹增生，间质水肿，毛细血管扩张，平滑肌纤维增生和炎症细胞缺乏等，在此5种病理改变中出现3种以上异常者，结合Hp阴性，可诊断为反流性胃炎 。
胆汁反流的内镜表现：内镜下可见食管内或胃内有黄绿色液体，粘膜见黄染，幽门功能失调者可见食管内或胃内有黄绿色液体，粘膜见黄染，幽门功能失调者可见胆汁通过幽门口向胃内反流。有学者认为，仅仅通过上述表现来证明有胆汁反流不是很恰当的，因为做胃镜时患者往往不合作，恶心等对结果的影响很大。
Nasrallah等研究110例患者发现镜下见胃黏膜胆汁染色与胃内胆汁浓度、内镜下病变的严重程度及活检组织学损伤的程度之间无相关。
内镜检查需要有经验的医生进行，可以减轻对患者的不良刺激，诊断结果也就比较可靠
