肾结石的主要表现是与活动有关的疼痛和血尿，因此肾结石患者除了会出现腰腹部疼痛之外，另一典型的症状就是血尿。
由于结石会直接损伤肾和输尿管的黏膜，所以肾结石患者常在剧痛后出现镜下血尿或肉眼血尿，以后者居多，大量肉眼血尿并不多见，其血尿的严重程度与损伤程度有关，体力活动较多时，如劳动、运动、骑马和乘车后血尿可加重。肾结石患者尿中可排出沙石，特别在疼痛和血尿发作时，尿内混有沙粒或小结石。
当患者为双肾结石时，由于双肾结石对粘膜损伤较重，故常有肉眼血尿，疼痛和血尿相继出现是肾和输尿管结石的特点。但血尿一般较轻，有时肉眼不能看出，但几乎每个病例都能在显微镜下见到从少数到多数红细胞，因此尿的显微镜检查很重要，这也是双肾结石的症状。
此外，肾结石患者还可出现脓尿。肾和输尿管结石并发感染时，患者的尿中会出现脓细胞，也有些患者会因此出现腰痛，同时会伴有高热。临床上，很多患者都会出现腰部或者是腹部疼痛，对于女性患者来说，主要是会沿着输尿管大腿内侧、外阴部等处放射，而男性患者则往往是以睾丸和阴茎处最为严重。有的患者被诊断为肾盂肾炎，作尿路X线检查时才发现结石。
