通知要求，各省(区、市)均抽取20%的县(市)参加评估。参评县(市)名单由卫生部专家组以分层随机抽样方式确定，即将各省(区、市)所辖县(市)按经济社会发展水平分为上、中、下3层，再从各层中随机抽取20%的县(市)作为参评县(市)。
通知要求，各省(区、市)卫生厅局依照卫生部制定的评估表，结合本省(区、市)初级卫生保健规划，负责组织实施。由参评县(市)填报数据，数据主要从参评县(市)现有统计报表和日常工作状况中提取，对个别指标辅以必要的专题调查，由省级卫生行政部门汇集参评县(市)数据并审核后报我部。卫生部专家组将负责抽样复核，抽样复核工作另行安排。
通知还要求，省级卫生行政部门要结合《纲要》实施情况，形成总结报告，报告应当包括开展农村基本医疗卫生工作的特色做法、存在的问题及下一步工作建议。
