体外射精最大的弊端就是避孕率低，其失败原因主要有三点。
第一，性爱过程中，随着性兴奋不断提升，男性生殖系统内的各种腺体分泌开始活跃起来，分泌液和部分精囊液会在射精前，就溢出尿道口并进入女性生殖道。这部分分泌液里就含有一定数量的精子细胞。
第二，许多男性掌握不好射精的准确时间，阴茎拔出阴道的时间太晚，很容易造成精液留在阴道内或阴道外口处。
第三，遗留在女性阴道口周围、男性阴茎或其他部位的精液，会因为任何可能的原因进入女性生殖道内
偶尔一两次的体外射精，对人体影响不大。但有些临床医生提出，长期体外射精，可能会引起性感受下降或其他性功能障碍。比如，女方在不知情的情况下，男方采取这种方法射精，或女方强迫男方实施体外射精，时间久了，会让男性出现心理焦虑、不满足和性满意度下降等问题，进一步发展可导致对性的感受大幅降低，还可能出现其他如性高潮感受降低或缺乏，男性射精障碍，甚至不射精等。
此外，即使是在双方都知情的情况下，也存在隐患。男方掌握不好射精的准确时间，两人都担心避孕失败，会导致操作性焦虑，时间一长也可引起男性射精过快或不射精，进而影响女性的性感受。临床上还发现，部分患者因长期采取这一方法，当准备生育时却不能在阴道内射精。这可能是因为长期射精习惯和性刺激强度不一造成的，可通过矫正射精习惯，恢复在阴道内射精而改善。
