生理性卵巢囊肿也称功能性卵巢囊肿，多见于处于生殖年龄的女性，囊肿可随月经来潮减少或消失。但囊肿变大也可引起下腹胀痛，主要可分为4种类型。
1.出血性囊肿
由于囊肿生长过于迅速，可对卵巢等周围组织造成压迫和牵拉，进而引起破裂出血，血液堆积于卵巢内形成出血性卵巢囊肿。这类情况囊肿消失需要的时间较长，可遵医嘱服药减缓症状，病情较严重时需要开刀切除。
2.浆液性及黏液性卵巢囊肿
此类囊肿较难自行消退，一般3个月后仍不见消退者，需要手术治疗。具有分泌功能的浆液细胞及黏液细胞在排卵后被包埋在卵巢内，不断分泌液体形成囊肿。
3.巧克力囊肿
是指子宫内膜异位症长在卵巢内，形成大量黏稠咖啡色像巧克力状的液体。巧克力囊肿可随时间推移迅速增大，不断对周围组织和器官形成巨大压迫和损害，尤其可对卵巢组织形成不可逆的损害。
4.畸胎瘤
功能性卵巢囊肿中的畸胎瘤是一种很特别的囊肿，多为实质性，可同时存在大小不等的囊腔，内含外、中或内胚层组织的衍生物如毛发、牙齿、软骨、平滑肌、支气管或肠壁等。畸胎瘤本身不会自行消失，而且有可能不断成长，大部分为良性囊肿，另有15%机率造成卵巢扭转，为避免不必要的伤害，也应及时治疗。
