子宫内膜异位症该如何治疗呢？合并不孕的患者有什么方法促进怀孕呢？由于这是雌激素依赖的疾病，雌激素的主要来源是卵巢。迄今，除根治性手术治疗（切除卵巢）之外，还没有一种理想的根治方法。对于要求生育的患者来说，更需要个体化的保守治疗。目前认为，腹腔镜确诊、手术加药物为异位症治疗的金标准。
轻症的患者明确诊断后常用一些药物暂时性抑制卵巢功能，比如假孕疗法、假绝经疗法，以达到异位内膜萎缩、退化、坏死的目的。笔者曾经治一例有轻度痛经的不孕患者，在外院经过长达两年的中药、免疫治疗、以及促排卵治疗仍然不孕，后来劝她腹腔镜检查不孕原因，结果发现盆腔腹膜，子宫后壁一些散在子宫内膜异位灶，除了术中做了电凝处理外，术后又建议短期应用了“药物性卵巢切除”药物GnRH-a， 恢复月经后再给予促排卵治疗，顺利怀孕，喜得龙凤双胎。
中重度的患者常常病变累及卵巢，并可导致盆腔粘连。此时手术的目的则是剥除囊肿，去除肉眼可见的病灶，分离粘连，尽量恢复输卵管和卵巢的正常解剖结构。而手术过程中必须十分注意对卵巢功能的保护。卵泡是生命延续的基础，很多研究证明内膜异位症本身对卵巢功能产生破坏，降低了卵巢储备，也就是说能发育成熟的卵泡数减少。这就要求医生在手术时对残存的正常的卵巢组织要“小心呵护”，尽量保留。而在术后，则根据患者疾病的严重程度确定是直接试孕，还是药物治疗后使用促孕技术如“试管婴儿，人工受精”等助孕。
因此，对于内膜异位症患者，治疗的目的是去除病灶，缓解疼痛，促进受孕，预防复发。年轻患者应积极促进怀孕，一般来说，在手术后1年内怀孕的概率最高，应该积极利用这一段时间，给予内膜异位症患者恰当的指导。
