先天性发育异常是导致男性不孕不育的重要原因。先天性发育异常包括阴茎先天性发育异常、尿道先天性异常、睾丸先天性异常、其他先天性发育异常。
阴茎先天性发育异常：任何原因导致阴茎先天性病理改变均可影响性交活动，严重者导致不孕不育。
尿道先天性异常：男性尿道先天性异常，包括尿道上裂和尿道下裂。影响性交能力，精子不能输入女性生殖道而造成不孕不育。再如先天性尿道憩室、先天性尿道狭窄等，皆有程度不同的射精障碍而影响孕育。
睾丸先天性异常：包括无睾、睾丸发育不全、异位睾丸、睾丸融合、隐睾、多睾、睾丸附睾分离等。均可干扰或破坏其正常的生殖功能，影响患者的生育能力或/和性能力。
其他先天性发育异常：如先天性附睾、输精管发育不全及缺如造成输精管道阻塞，精囊发育不全、缺如，前列腺发育不良、憩室等造成附属性腺功能障碍而致不孕不育。再如射精管发育不全、梗阻及开口异常，亦可导致男性不孕不育。
