经常服用一些药物可能导致暂时或永久的对精子生成的损害。常见的有西咪替啶、柳氮磺胺吡啶、安体舒通、呋喃坦啶、尼立达唑、秋水仙素和各种激素类药物，如：大剂量皮质类固醇、雄激素、雌激素、孕激素、雄激素拮抗剂、促性腺激素释放素促效剂等。此外，癌症化疗药物也是影响男性生育的重要一类。由于睾丸癌、何杰金氏病等在使用化疗药物时，其中含有的一些烷基化合物常导致生殖功能不可逆的损害，因而对生殖器官部位进行放疗也有可能导致精子不可逆地发生停滞，造成不育。若男性不育患者曾服用了上述的某种药物，应考虑安全地逐步停药，或改用其他对性功能和精液质量无危害的药物，例如用乙酰水杨酸替代柳氮磺胺吡啶。
