许多自闭症孩子不能消化谷蛋白和酪蛋白其中的一种或两种。谷蛋白是小麦和其他许多食物中存在的一组蛋白质的统称；酪蛋白是牛奶蛋白。Alan Friedman 博士及其研究小组建立了一个理论，自免疫机理可能使得对于消化谷蛋白和酪蛋白至关重要的一种酶DPP-IV缺失（遗传因素）或者没有激活。Friedman的模型指出DPP-IV的缺失或者没有激活造成类似吗啡的物质在体内积累。这种累积使得自闭症儿童频繁地自我封闭。自闭症的共同特点之一就是忽视他人，看起来好像生活在自己的世界里。无论Friedman的假设是否真实，许多自闭症儿童确实对一种或几种食物过敏，这点可以通过食物过敏试验和禁食来得到证明。大多数自闭症孩子肠道发炎，普遍认为孩子过敏的食物如麦类和奶类刺激他们的肠子。研究还发现抗生素刺激肠道，同时伤害免疫系统。禁食麦类和奶类是针对不能消化谷蛋白和酪蛋白的首要疗法。免疫系统受损和肠子发炎的孩子尤其表现出对真菌（特别是假丝酵母类）入侵的脆弱。粪便培养和其他实验室测试的结果经常识别出白色假丝酵母的过度生长。确实，一些研究表明假丝酵母类真菌和其他真菌可能是造成自闭症孩子刻板行为和健康问题的主要原因。许多孩子的病史记载了大量的耳朵感染和抗生素的频繁服用。所以，这些孩子肠子内的良性菌群可能已经被毁掉了，就为不良真菌和细菌繁衍打下了一个基础。类似的道理，有机汞化合物能够负面地影响肠子内的菌群。所以，疫苗的乙烷汞，在体内首先通过肠道生存，也可能损伤肠子内菌群。当疫苗乙烷汞中毒与滥用抗生素伴随出现时，良性菌群数量减少，导致了肠子内的恶性菌群繁衍和酵母菌的蔓延。
当这些酵母菌种类繁殖时，他们分泌毒素。William Shaw博士在酵母菌及其对自闭症儿童的影响方面进行了开创性的研究。他指出毒素能够损伤中枢神经和免疫系统。汞的另外一个破坏作用是联合其他重金属摧毁专门防卫真菌和细菌的白血球--嗜中性粒细胞。
由于假丝酵母的过度生长引起的健康问题包括腹泻，胃痛，gas pains，便秘，头痛，疲劳和沮丧等。行为问题包括注意困难，多动，注意范围狭小，易怒和攻击行为。
治疗酵母菌过度生长有许多安全的方法，包括服用活菌（在肠道内种植良性微生物的营养补充剂）和使用抗真菌药物来打击顽固的假丝酵母。一些孩子需要进行特别的禁食，少吃糖和其他促使酵母生长的食物。我已经看到了这些疗法在孩子身上的不同效果，从多动和自我刺激的减少，到对视的增加，注意力提高，和语言的增加。
