随着输尿管镜的不断改进和手术技术的提高，手术已相当安全，并发症也很少。
（1）发热：偶有逆行感染发热。
（2）血尿：大多轻微，一般术后1—3天消失。
（3）输尿管的损伤：发生率已很低，大多数很轻微。极个别会狭窄和闭锁。需内腔镜下扩张或切开治疗。
输尿管镜碎石术应注意：
（1）卧床休息，多饮水。
（2）术后静滴抗生素3—5天，后改囗服数天。
（3）一般留置输尿管导管和持续导尿2-3天。
