肛瘘形成初期是以脓肿、炎症为主，炎症消退，瘘道逐渐形成，局部症状逐渐减轻。但复杂性肛瘘或有急性感染时，局部有明显的炎症反应，并伴有全身症状。
1.全身症状
在急性炎症期和复杂性肛瘘反复发作时，可出现不同程度的发热、或伴有消瘦、贫血、体虚等长期慢性消耗症状。
2.疼痛
瘘管通畅无炎症时常不感疼痛，只感觉局部发胀和不适，行走时加重。当瘘管感染或脓液排出不畅而肿胀发炎时，可引起疼痛。内瘘时常感到直肠下部和肛门部灼热不适，排粪时感到疼痛。
3.瘙痒
由于脓液不断刺激肛周皮肤，常感觉瘙痒，肛周潮湿不适，皮肤变色、表皮脱落，纤维组织增生和增厚，有时形成湿疹。
4.排便不畅
复杂性肛瘘口久不愈，可引起肛门直肠周围形成大的纤维化瘢痕或环状的条索，影响肛门的舒张和闭合，大便时感到困难，有便意不尽的感觉。
5.流脓
流脓是肛瘘的主要症状，脓液多少与瘘管长短和多少有关，新生成的瘘管，炎症反应大，流脓较多，脓液粘稠、黄色、有臭味;时间长久的排脓较少，或时有时无，脓液白色，稀淡如水;如忽然脓液增多，表示有新管生成。有时瘘口暂时封闭，不排脓液，可出现局部肿痛或体温上升，封闭的瘘口又排脓。有的外口可排气体和粪便。内瘘常有脓血由肛门排出，由于脓性分泌物不断反复流出，患者常感到肛门处湿润、内裤不净，给生活带来很大麻烦。与其他器官相通的瘘管有特殊症状。
温馨提醒您：无论是什么原因引起的肛肠疾病都要及时的治疗，以免引起病情加重，给身体造成不必要的麻烦。遇到疾病千万不要认为是小病，就疏于防范，肛肠疾病是不能自行痊愈的，如果您出现大便带血，肛门潮湿，肛门瘙痒，肿物脱出、便后肛门痛等现象，应该及时到专业的医院做肛肠检查。在确诊病情的情况下，及时治疗，以免反复发作，加重病情。
