强迫症的发生与脑病理学有关，现代脑影像学研究发现，可能与额叶皮质、扣带回和基底节的神经回路异常有关。
1、基底节
基底节包括纹状体、丘脑和杏仁核。多动抽动综合征、昏睡性脑炎、特发性帕金森、β-溶血性链球菌感染的风湿热的发病部位都在于此，可引起强迫症状。研究发现，儿童强迫症与链球菌感染有关，可能是链球菌感染后产生的自身抗体与基底节的蛋白相互作用，从而触发强迫症。基底节涉及代偿和学习，过度激动时，可因不完美感而过度代偿，表现为强迫检查、强迫仪式动作、强迫洗涤等，也可因过度学习诱发强迫穷思竭虑。
2、皮质
强迫症的发生与额叶皮质和扣带皮质前部有关。①额叶皮质：研究发现强迫症患者的前额皮质存在多巴胺能亢进，另外多动抽动综合征的强迫症状也与额叶皮质病变有关。②扣带皮质前部：强迫症在激发症状后，功能成像一致显示，扣带皮质前部过度激活，给予抗强迫治疗后，过度激活开始下降，其下降程度与强迫症状减轻程度平行。强迫症患者的扣带皮质前部激活增强，当面临矛盾的两个方面时，患者就会感到事物不完整或不正确，进而产生强迫观念。
