治疗肺脓肿病期在三个月以内者，应采用全身及药物治疗。包括抗生素全身应用及体位引流，局部滴药、喷雾及气管镜吸痰等。经上述治疗无效则考虑外科手术治疗。
手术适应症：
1、病期在三个月以上，经内科治疗病变未见明显吸收，而且持续或反复发作有较多症状者。
2、慢性肺脓肿有突然大咯血致死的威胁，或大咯血经积极药物治疗仍不停止者，应及时手术抢救。
3、慢性肺脓肿如因支气管高度阻塞而感染难以控制者，应在适当准备后进行肺切除。
4、慢性肺脓肿与其他病灶并存，或不能完全鉴别，如结核、、肺霉菌感染等，也需要肺切除治疗。
术前准备：包括改善病人全身情况，加强营养，间断输血，全身用抗生素，体位排痰，局部喷雾，气管内滴药等。经住院3～6周准备，痰量减少至每天50ml以下；痰由黄脓稠变为白粘稀薄；食欲、体重有所增加；血红蛋白接近正常，体温脉搏趋于平稳，则可进行手术。
手术范围：肺脓肿的手术难度大、出血多，病变往往跨叶，手术范围不宜太保守，尽可能不做肺段或部分肺叶切除，而多数是超过肺叶范围，甚至需要全肺切除。
手术并发症：常见的有失血性，支气管瘘及脓胸、吸入性、食管瘘等。
其预后，大多数慢性肺脓肿经外科治疗疗效满意，症状消失，并恢复正常工作。
