囊肿的主要危害是压迫肾脏而损害肾功能。所以一般小于4厘米的肾囊肿不需要处理，定期复查即可。较大囊肿需要临床治疗，如果是肾盂旁囊肿则大小不受4厘米的限制。
大多数学者认为单纯性肾囊肿，如囊肿直径大于4厘米，有腰痛、血尿、反复感染、肾实质或肾盂、肾盏明显压迫，以及高血压、囊肿压迫输尿管，导致梗阻及疑有恶变等，均是治疗指征。
肾囊肿治疗方法主要有三种。B超监视引导下肾囊肿穿刺抽液+注射无水酒精或其他硬化剂，但硬化剂有外溢和可能被吸收等危险，因而会对肾脏产生损害或引起严重的并发症。
开放手术创伤较大，恢复慢，影响体力劳动，患者接受性差。
应用腹腔镜进行手术，仅需在腰部打三个小孔，建立腔镜通道，用腔镜进行手术，具有创伤小、术后恢复快等优点，术后第二天就可下地活动，近年已成为肾囊肿的首选手术方式。
