肛裂的疼痛只发生在排便时，排便后疼痛基本消失，但反复发作时，排便后也会有火烧火燎样的疼痛，一般持续20～30分钟，严重时可达半天以上。受凉或出汗会使疼痛加剧。
疼痛是肛裂的主要症状。其特点是呈周期性排便痛，具体特点如下：当有便意时，肛门舒张，疼痛开始。排便时，粪便冲出裂口，立刻感觉肛门内灼痛或刀割样疼痛，称为便痛。排便后数分钟或至10分钟，疼痛停止或减轻，称为间歇期。因肛门括约肌痉挛收缩，病人又感觉到剧裂疼痛。疼痛的程度，随着肛裂的大小和深浅的不同而有轻有重。这一期间的疼痛，常持续半小时至数小时，使病人坐卧不安，十分痛苦。当括约肌痉挛而疲乏时，疼痛才逐渐停止。这是疼痛的一个周期，从排便一疼痛一缓解一疼痛的过程。之后又会因排便或喷嚏、咳嗽、排尿等都能引起周期性疼痛发作。肛裂合并有感染时，疼痛更加明显。
因此，对肛裂病人作检查时，动作要轻柔，一般不作窥镜检查或指诊。病情需要时可在局麻下进行。而双重剧痛是肛门溃疡特有的疼痛方式。最初的疼痛是粪便扩张肛门所致，第二次的疼痛源于第一次刺激产生的肛门括约肌痉挛，痉挛通过神经传导腰、髋、下肢，因此有人出现排尿困难、腹痛等症状。肛门括约肌痉挛使得肛裂的伤口变得更深，伤口溃疡糜烂。溃疡一旦形成，粪便在溃疡处残留就很容易感染。感染后糜烂面向上、下、深处扩大，产生肛门溃疡的另一特征：息肉和疣。
从溃疡处向上扩散的炎症刺激组织增生形成肛门息肉即肛门乳头，有时可脱出到肛门外。同时，向下扩散的炎症刺激肛门出口附近产生小的息肉，如同在肛门周围放哨，因此被称为前哨痔。炎症严重时可化脓，向皮肤破溃流脓，并形成脓性窦道。这是由肛门溃疡产生的肛瘘，但它只具备瘘孔的形态与真正的肛瘘并不相同，二者的相同之处在于都只能通过手术治疗，家庭治疗有些困难。
肛裂发展成肛门溃疡，往往存在诸多不良应素。肛门溃疡可致肛门狭窄，通过手术可望恢复正常排便功能。肛裂恶化发展到肛门溃疡，究其原因肛门溃疡患者往往存在这样的问题：①反复便秘，大便干硬；②痔核脱出、脱肛；③肛门湿疹。
