最常见的症状是反复腹痛。由于小儿对疼痛部位的表达常含糊不清，会泛指脐周或脐上。做父母的往往认为孩子患了肠虫症或肠痉挛，会给孩子服用驱虫药或缓解肠痉挛的药物，但是，这些孩子即使吃了药或打了针后腹痛仍不消失。
小儿慢性胃炎的腹痛多为持续隐痛或阵发性痉挛腹痛，有的可发生在餐前或餐后，有的可发生在夜间，有的则毫无规律性。此外，病人还可有呕吐、消瘦、上腹痛、贫血，甚至消化道出血的症状。由于小儿慢性胃炎的临床表现往往不典型，因此，年轻的家长若发现孩子有原因不明的腹痛，应想到慢性胃炎的可能，带孩子去医院检查确诊。
