界定是否开始乙肝抗病毒治疗的三个条件：生化指标、病毒学指标和组织学改变。多年来各指南关于生化指标和病毒学指标的界定标准不断修改，EASL2009版慢乙肝治疗指南的治疗指证为：生化指标＞40IU/ml、病毒学指标＞10000拷贝/ml和肝活检为≥G2/F2。
组织学证据（≥G2/F2）应该是最重要的，然而在没有肝活检资料时常仅靠生化指标（生化指标）判断肝脏炎症存在局限性，慢性HBV感染的自然史中病毒学指标水平是变化的，临床实践中需多指标动态观察，“个体化”综合评估。
生化指标作为界定治疗指标存在局限性。生化指标是肝细胞损害灵敏的指标，抗病毒治疗时，基线生化指标水平对于最终疗效具有重要的预测价值，应用广泛，检测费用低。但是生化指标并不与肝脏炎症完全一致，生化指标与肝纤维化无关，真正的正常上限尚不确定（传统的正常范围是《40IU/L，或修正的范围是男性《30IU/L，女性《19IU/L）。生化指标正常（《40IU/L）者中20%～30%肝脏存在中度甚至重度坏死性炎症，少数患者有显著肝纤维化。对免疫耐受期慢性乙肝感染者和非活动复制期感染者随访1年显示：免疫耐受期患者炎症分级G2为44.4%，非活动复制期患者G2占34.0%。香港对3233例慢乙肝长期随访显示，生化指标（0.5~1.0）xULN和（1.0~2.0）xULN患者出现腹水，自发性腹膜炎，曲张静脉出血，肝性脑病的危险性高于生化指标《0.5xULN。可见，生化指标水平正常的慢性乙肝患者需要良好的评估，长期监测，解释各种各样的血液检查及影像学检查来指导治疗，必要时争取肝活检。
注意患者用降酶药而出现的生化指标“正常”和其他原因所致生化指标“异常”。HBeAg阳性者生化指标大于正常上限2倍时抗病毒治疗效果优于2倍以下者，而HBeAg阴性者生化指标大于正常上限2倍与2倍以下比较抗病毒疗效无差异。所以，HBeAg阴性，后期病人有纤维化或肝硬化者抗病毒治疗的生化指标界定值可适当放宽。
血清病毒学指标水平在慢性乙型肝炎感染的不同阶段有较大差异，早期高后期低，HBeAg血清转换时病毒学指标水平下降，HBeAg阳性时高阴性时低，无纤维化者高有纤维化或肝硬化者低。因此，后期患者HBeAg阴性者，肝硬化及肝硬化失代偿者抗病毒治疗的HBVDNA界定值可适当放宽。
在决定是否行抗病毒治疗时，要权衡抗病毒治疗的利与弊，应考虑与肝病进展相关的其它因素，例如男性、HBV基因型C感染、HCC家族史及持续滥用酒精、合并HIV、HCV或HDV感染等。患者的经济承受能力，意愿，生育要求等也须兼顾。
