1.肾、泌尿道结核
肾、泌尿道结核是结核杆菌引起的肾脏和泌尿道感染。症状、体征、尿改变都可与慢性肾盂肾炎相似，其区别点是肾、泌尿道结核时尿路刺激症状明显，尿沉渣涂片可找到抗酸杆菌（要除外尿垢杆菌污染），尿普通细菌培养阴性而结核杆菌培养阳性，尿亚硝酸还原试验阴性。X线检查有时可见肾区有结核病灶钙化影或有虫蚀样组织缺损区（干酪坏死灶）。部分肾结核患者可找到肺、肠及腹腔、骨、前列腺、副睾或盆腔结核病灶。
2.尿道综合症
是女性常见的下尿路疾病，有明显的尿频、尿急、排尿困难等尿路刺激症状，但多无全身表现，无腰痛、无上输尿管点、肋腰点压痛，无肾区叩痛，中段尿检查白细胞数不增多或稍增多（一般《10个/HP）多次尿细菌培养菌落数《 10×107/L（105/ml），症状经2-3天后逐渐消失，但却容易复发，该综合征有一部分可能为病原体感染，另一部分可能为非感染性疾病。
3.慢性肾小球肾炎
慢性肾小球肾炎无明显尿路刺激症状，尿沉渣中白细胞数增多不明显，无白细胞管型，尿细菌检查阴性，而尿蛋白含量较多，易引起低蛋白血症，肾小球功能损害较明显。肾盂肾炎的尿蛋白量较小，一般在1-2g/24小时以下，而肾小管功能损害较明显。根据这些特点，两者鉴别不难。但晚期病例两者皆可以尿毒症为主要表现，鉴别有时困难，特别当慢性肾小球肾炎合并尿路感染时，更是如此。这时需详询病史和过去表现。结合两病各自的临床特点，加以分析、才能判定。若是慢性肾小球肾炎合并感染，经过治疗将感染控制后，肾小球肾炎的特点可明显地表现出来。
4.其它疾病
急性肾盂肾炎或慢性肾盂肾炎急性发作而以血尿为突出表现者，当血块通过输尿管时，可引起肾绞痛，这时须与泌尿道结石鉴别，通过询问病史，尿细菌学检查，必要时作腹部X线照片或静脉肾盂造影，可鉴别。
