99％以上的拔牙本身不会发生问题，只有极少数情况下会发生设部残留。尤其是牙根毁坏明显的牙齿，有时会出现毁坏后根部残留在血液及肉芽中的情况。虽然不会特别疼痛，但数月后，牙龈内的突出物会使脸部浮肿，舌头触碰时会有异样感。这时，是否使用麻醉剂要视情况而定，医生可用镊子等器具完成简单的处理工作。
弯曲的牙根前端断裂后，就取不出来了，因为它原本是健康牙齿的一部分，所以只能将这部分完整取出。但偶尔有残留牙根发生断裂以及含有大量神经的情况，这时候有可能会导致缝隙中污垢残留从而引发炎症，此时必须将剩下的牙根拔去。与最初拔牙不同的是，由于周围骨组织已遭到炎症破坏，多数情况下可以轻易将其取出。
将牙齿损伤控制在最小范围内的方法有“断尾法”和“分离法”。这两种都是应对大臼齿的处理方法，多用于位于下颚的臼齿。 “断尾法”是将牙齿分割成两半，只将无法保存的牙根部分取出。“分离法”用于牙骨部位有破损和断裂时，污垢残留、炎症反复发作的情况。分阳法同样将牙齿分割成两半，扩充易积攒污垢的缝隙，使污垢难以残留。
如果牙齿像盲肠一样可以放弃，那拔牙就是最值得信赖的方法。它与造成炎症的常在菌的种类及数量无关，是确实可以抑制炎症发生的治疗方法。而如果能够做到只去除牙齿中的潜在危害，就可以免于拔牙。
