特殊类型偏头痛是指偏头痛发作期或头痛消退后可伴明显的神经功能缺损。常见的有以下6种：
基底型偏头痛
多见于儿童和青春期女性，患者出现头重脚轻、眩晕、复视、眼球震颤、耳鸣、构音障碍、双侧肢体麻木及无力、共济失调、意识改变、跌倒发作和黑矇等脑干和枕叶症状，提示椎-基底动脉缺血。多见闪光、暗点、视物模糊、黑矇、视野缺损等视觉先兆，先兆持续20~30分钟，然后出现枕部搏动性头痛，常伴恶心、呕吐。
复杂型偏头痛
复杂型偏头痛是指先兆延长的偏头痛。症状与有先兆的偏头痛相同，先兆在头痛发作过程中仍持续存在，延续1小时至1周，神经影像学检查排除颅内器质性病变。
偏头痛等位症
老年人和儿童可出现反复发作症状，如眩晕、呕吐、腹痛、腹泻、肢体和关节痛，不伴头痛发作。
偏瘫型偏头痛
此型偏头痛临床上比较少见，多在儿童期发病。偏瘫可为偏头痛先兆，单独发生，亦可伴偏侧麻木、失语，偏头痛消退后偏瘫持续10分钟至数周不等。可分为家族型和散发型。
眼肌麻痹型偏头痛
此型偏头痛临床上比较少见。偏头痛发作时或发作后头痛消退之际，头痛侧出现眼肌瘫痪，动眼神经最常见，可同时累及滑车和外展神经，持续数小时至数周。
晚发型偏头痛
多见于45岁以上的患者，发作性头痛可伴反复发作的偏瘫、麻木、失语或构音障碍等，每次发作神经缺失症状基本相同。
