女性患性病，临床症状不明显或缺乏特征性，是女性性病诊断较困难的原因之一。例如，阴道分泌物或白带增多，可以是多种不同性病都会出现的共同症状，临床上难以据此鉴别为何种疾病。其次，男性外生殖器易暴露，方便临床直接观察检查，而女性常需借助扩阴器做内检，才能观察到阴道和宫颈的病变，临床检查较为困难。如发生在阴道或宫颈的尖锐湿疣，若病变小或部位隐匿，极易造成漏诊。
此外，实验室检查在男女患者的敏感性和特异性上也有差异。例如，同为淋病，在分泌物涂片做革兰氏染色检查时，男性对此的诊断敏感性和特异性高达95％～99％，而女性对分泌物涂片的敏感性仅有50％左右。也就是说，用涂片检查诊断女性淋病，有一半的患者可能会漏诊。因此，女性淋病的诊断常常需要做分泌物细菌培养。
