巧克力囊肿是“肿块”但并非是“肿瘤”，它是子宫内膜异位症的一种病变。正常情况下，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落一次，形成月经。如果月经期脱落的子宫内膜碎片，随经血逆流经输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其他部位，形成异位囊肿，这种异位的子宫内膜也受性激素的影响，随同月经周期反复脱落出血，如病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大，形成内含陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性血呈褐色，粘稠如糊状，似巧克力，故又称“巧克力囊肿”。这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。
子宫内膜异位症的主要症状是痛经，它的痛经特点是渐进性痛经，是继发性和进行性加重。其次是不孕，和月经紊乱及性交痛等。它的发病主要原因与分娩，多次流产等有关，产后脱落的子宫内膜种植在宫颈、阴道、盆腔内，以及反复的人工流产术，通过负压吸引至盆腔内。另外，妇科的某些小手术，如输卵管通气或通水，子宫输卵管碘酒造影，宫颈电烫、冷冻等，都可能使月经期脱落的内膜在此种植，日后形成子宫内膜异位症。
中医一般采用辨证施治手段，本着标本兼治为原则，温肾助阳，兼活血化瘀，调整机体的内环境，祛除产生该病的内因，同时温经活血祛瘀使月经正常来潮，痛经逐渐消失，异位包块、结节、巧克力囊肿即为中医所说的“症瘕积聚”溶解、吸收、消散。
中国历代中医学者在运用中医中药治疗该病中积累了丰富的经验，子宫内膜异位症属于中医“痛经”、“症瘕、积聚”、“不孕”的范畴，《诸病源侯论》曰：“妇人月水来腹痛者，由劳伤气血以致体虚，风冷邪气客于胞络，损伤冲任之脉”等。
中医一般采用辨证施治手段，本着标本兼治为原则，温肾助阳，兼活血化瘀，调整机体的内环境，祛除产生该病的内因，同时温经活血祛瘀使月经正常来潮，痛经逐渐消失，异位包块、结节、巧克力囊肿即为中医所说的“症瘕积聚”溶解、吸收、消散。
服药期间月经正常来潮，同时有促进卵泡生长及促排卵作用，故可受孕，受孕后对胚胎无任何不良影响，而受孕又是治疗该病的最佳方法之一。
