寻找和确定的肛瘘内口的方法有：
一肛镜检查 直视下看到齿线全部，内口常在红肿发炎的肛瘘，有分泌物，对可疑的肛隐窝可用银质园头探针探入。
二探针检查 先于肛门内插入手指，用银质园头探针，由外口沿管道向肠腔方向轻轻探入，完全性肛瘘，肠腔内手指在齿线附近可摸到探针确定内口，探时切忌盲目用力，免成假道，使感染扩散。
三染色检查 将干纱布放入直肠内，将美兰1～2ml由外口徐徐注入，然后拉出纱布，如有染色，即证明有内口存在。
四手术检查 切开瘘道，沿瘘道寻找内口，一般容易找到。
五肛窦钩检查 以窥器伸入肛门，可见有红肿炎症的肛窦，内口多在此处。用肛窦钩反复检查肛窦，不难找到内口。探时忌用暴力，以免穿破正常肛窦，造成新的感染内口。
六美蓝标记 将一块适中的纱布放置于肛门内，而后将5%的亚甲蓝水溶液由外口注入瘘管，然后轻轻将纱布拉出，观察内口的位置。尔后，用窥器扩开肛门，在齿状线附近，着色最显着处，以肛窦钩或探针探查，多数可发现内口。
七其他 如X线检查、肛管压力测定等检查方法，较少用，有条件者也可采用。
