肛瘘的治疗原则需根据肛裂发生的机理，以及肛瘘的解剖结构制订。
①清除内口：手术时要找到原发的内口，并把感染的肛窦、肛门腺及其导管切除干净，这是肛瘘治疗的关键。
②处理好瘘管及支管、死腔：要把瘘管的管道、支管、死腔等清除干净，以免术后复发。
③保留肛管直肠环：肛瘘手术时，应明确诊断，查明内口及瘘管走向，保留肛管直肠环，以维持正常的肛门括约功能。 在具体手术操作中，一定要仔细寻找到内口，并防止切断肛管直肠环。
