治疗沙眼的药物可分局部点药法和口服药物疗法。
口服药物疗法：治疗沙眼多以局部给药为主，但对症状较重的活动性沙眼或并发角膜炎、角膜溃疡者，可配合口服长效磺胺、土霉素、四环素等控制病症。
局部点药法：治疗沙眼的外用药很多，可选用：30%磺胺醋酰钠眼药水(斑马眼药水)，0.1%肽丁胺眼药水，0.25%氯霉素眼药水，0.1%利福平眼药水等。每日3~4次，晚上涂金霉素、四环素、土霉素眼药膏。
除药物治疗外，治疗沙眼还可根据需要采取1%硝酸银局部涂布，沙眼滤泡压出术，沙眼摩擦术，沙眼并发症的手术治疗等治疗方法。
