1、体检
应作全面系统的体格检查，应注意检查生殖器(包括内生殖器)、会阴部、口腔、眼、前列腺等。肛门直肠的检查应注意观察分泌物的性状和量，及肛门的糜烂和裂口;肛指检查应注意触痛、压痛，以及指套粘附于之分泌物的外观、气味;肛镜检查应注意肛管直肠移行处，特别是肛隐窝处红、肿、糜烂、溃疡等急性炎症的表现。
2、实验室检查
淋病的实验室检查有涂片、培养和血清学检查。在直肠淋病的检查中，最常用采用涂片染色直接查找淋球菌的方法。
（1）涂片染色直接查找淋球菌
具体方法是：在肛镜下，于直肠粘膜上，取糜烂点或溃疡处分泌物涂片(动作要轻避免挤破白细胞)。待涂片干燥后进行革兰氏染色，然后在显微镜下观察。如在多形核白细胞内，找到革兰氏染色阴性的奈瑟双球菌，诊断即可成立。
（2）淋菌的培养，对确诊和进行药敏试验有意义。
在培养取材地，应将棉拭子插入肛门2.5cm以上，首先揩去大量脓液，然后在糜烂面上取材，注意不能碰到粪便。培养出的菌落，可作涂片染色或进行细菌生化试验等来鉴别，并可进行药物敏感试验。
3、病史
对直肠淋病的诊断，在病史采集中应注意：
1.治疗情况：了解初发症状及时间，有否治疗，治疗药物，治疗时间，疗效等。
2.既往史：有无类似直肠炎病史，愈后的情况等。
3.婚姻及性伴情况：配偶和性伴有无淋菌性尿道炎、尿道阴道炎等淋病症状;性接触时间。
4.感染史：有否不洁性交史，如有肛交史则更有助于确立诊断;近期的肛肠检查史;其他系统淋菌感染情况，特别是女性病人的泌尿生殖淋病史。
