在临床上常与尖锐湿疣混淆的疾病有：
1、皮脂腺异位
顾名思义皮脂腺异位发育和增生所致，常发生于口腔、阴茎龟头、阴唇黏膜：微高于皮肤，为淡黄色颗粒，无自觉症状，组织学检查为成熟的皮脂腺小叶。醋酸白试验阴性。
2、假性湿疣
此病多发生在已婚青年妇女，为良性乳头瘤。也属于组织发育上的变异。皮疹局限于小阴唇，为粟粒大，黏膜色或淡红色小丘疹，表面光滑，多数呈现鱼子状外观。醋酸白试验阴性。和男性的珍珠样丘疹一样，可能与个人生理上的轻度变异有关，也可能与阴道念珠菌及慢性刺激有关。
3、扁平湿疣
扁平湿疣是二期梅毒疹的一种临床表现，好发肛周及外生殖器周围，呈扁平的片状隆起，表面湿润，渗液中含有大量的梅毒螺旋体，周围淋巴结肿大，梅毒血清试验阳性。
4、鲍温样丘疹病
该病可能与乳头溜病毒感染有关，好发于年轻女性，在生殖器部位出现多发性棕红色扁平丘疹，表面光滑，隆起，可有轻度光泽，直径2——7mm，没有尖锐湿疣的乳头状外观，怀孕后丘疹数目增多，色素沉着明显。组织学上有类似鲍温病样改变。
5、阴茎癌
该病多见与50岁以上男性。初起为不痛的小结节，逐渐扩大，穿破包皮形成溃疡或菜花样增生，外观与尖锐湿疣相似区别是尖锐湿疣一般不向皮内发展，如有怀疑必须做活检。
6、阴茎珍珠样丘疹
该病是发生在冠状沟边缘的排列整齐的、粟粒大小、一行到数行的珍珠状、白色、黄色或暗红色的半透明丘疹。大约有10%的正常男性不同程度地发生本病，发病的原因可能是生理上的变异，也有的和包皮过长，反复发生包皮龟头炎有关。此病无自觉症状，不溃烂，无传染性，醋酸白试验阴性。该病无需治疗，可随年龄增长而自行消退。
