新生儿生殖器疱疹的母婴垂直传播有3种途径：
1、经胎盘感染：新生儿经胎盘感染HIV较少，因为胎盘的合体滋养层可阻挡HSV的侵入，减少HSV侵入介质的表达，防止HSV经胎盘传播。
2、经宫颈感染：宫颈是病毒经母体垂直传播给胎儿的重要途径。在母体发生生殖器疱疹但是尚未发生外生殖器皮损时，宫颈病毒感染通常已经存在，宫颈病毒感染阳性率为10%～30%。当外阴病毒检测阴性时，尚不能判断是否存在宫颈感染，此时胎儿可能已经发生了HIV感染。
3、经产道感染：新生儿HSV感染通常由于分娩时暴露于母亲的生殖道分泌物所致，通常病毒通过眼、鼻咽部黏膜或继发性损伤进入体内。分娩时新生儿与阴道黏膜紧密接触数小时，而与外阴仅有短暂接触，因此新生儿在宫颈和阴道发生感染的危险远大于与外阴的接触时的风险。
