中药引起不良反应的原因主要有：
品种混乱。
中药的同名异物现象严重，加之不同地区用药习惯不同，容易造成不良反应。某医院在配置中药制剂时，错把广豆根当作北豆根入药，造成众多患者中毒。自1993年比利时报道“中草药肾病”以来，国内医药界对中草药引起的肾脏损害已有所重视。实验检测证明，比利时的减肥制剂中的防己是汉防己和有毒的广防己的混合物，广防己中含有马兜铃酸，是引起肾脏中毒的祸首。
炮制不当。
中药炮制得当可以增强疗效，减低毒性，炮制不当则易引起中毒。以朱砂为例，其加工时需要水飞，即不断加水研磨，才能得到红色细粉的正品，而现在采用机械加工，使用球磨机研磨后，所得细粉发黑，说明已有游离汞产生，故媒体上不断传来中毒反应的报道。
长时间连续用药。
很多中药服用时间过久，容易出现依赖性和蓄积中毒。如服用朱砂安神丸可以降血压、安神，但服用过久，可以造成慢性汞蓄积中毒。安宫牛黄丸、紫雪丹、至宝丹等中成药也含有朱砂，不宜长期服用。
煎煮不当。
含有毒性的中药如乌头，煎煮时强调久煎，而有些中药如山豆根，煎煮时间越长，毒性越显著增加。
配伍禁忌与相互作用。
许多中药是不能混用的，否则会产生毒性或严重的不良反应。中药“十八反、十九畏”的配伍禁忌是有道理的，不可忽视。
另外，一些中药服用时也有饮食上的配合禁忌，如地黄、何首乌忌葱，土茯苓、威灵仙忌茶，鳖甲忌苋菜，蜂蜜忌葱等。
