大多数患者病情之所以得不到有效控制和治疗，一是耐药，二是跟患者自身免疫细胞的数量不足和功能缺失有关，导致不能及时清除病毒、病情持续发展。
目前，慢性乙型肝炎的治疗主要采用口服抗病毒药物、干扰素免疫激活等方法。
其中口服抗病毒药物是最普遍的治疗方法，但这种方法只能抑制病毒而不能杀灭病毒，需要长期服用，这样还可能导致病毒变异而产生耐药性;干扰素主要是通过增强机体免疫起作用，如果乙肝患者自身免疫功能有缺陷，则对干扰素无应答，而且副作用大，很多患者不能耐受。所以，产生耐药和免疫受损致使大部分患者长期不能得到有效治疗。
误诊误治情况存在
患者长期服用药物效果不好就要考虑是否病毒变异造成耐药所致，传统的检测的化验乙肝五项仅能判断是否感染了乙肝和传染性大小，并不全面。而乙肝病毒基因不同区域的变异都与诊治有密切关系：P区基因变异主要见于长期服用核苷类似物的患者，继续服用可导致病情加重;C区基因变异E抗原检测不出，大三阳患者可能检测为小二阳;X区基因发生变异，患者易向慢性肝炎、暴发性肝炎、肝硬化方向发展，与肝癌发生有关;S基因变异株可引起免疫逃避，造成假阴性。而结合基因突变检测体系可对患者病情作出准确判断，从而确立准确的治疗方案。
患者重“大三阳”轻“小三阳”
一旦感染上乙肝病毒，人们总关心是“大三阳”还是“小三阳”。“大三阳”往往如坐针毡，“小三阳”如释重负。正规医院不应有“大、小三阳”的提法，这种提法不准确。
不能因为是所谓“小三阳”就高枕无忧，因为病毒处于活动期、转氨酶居高不下的“小三阳”患者，忽视治疗带来的危害甚至比“大三阳”还严重。所以，只要病毒处于活动期，患者都应重视检查和治疗。
