药物流产的优点是损伤小，能减轻妇女对手术的恐惧心理和痛苦，但它完全流产率只有90％～95％。
一般来说，停经天数越短即妊娠时间越短，胚囊越小，绒毛膜促性腺激素水平越低，成功率就越高。不过，药物流产时间较长，流产后出血较多，并有潜在大出血的危险。
因此，目前药物流产还不能代替手术人工流产，在不全流产或者药物流产失败的时候，还得依靠手术流产。
总之，药物流产和手术流产各有优缺点。应根据自己的具体情况来选择。
如果早孕妇女停经时间在49天之内，身体一向健康，无药物过敏病史，胆子较小，情绪紧张的可选择药物流产；反之，停经时间超过49天，又合并某些疾病，情绪较稳定的早孕者可选择手术流产。如果流产经过顺利，两者都不会发生并发症。如流血时间长，发生不全流产等，则都会出现月经失调、盆腔炎、输卵管阻塞等并发症。
目前有很多医院在手术流产的基础上开展起无痛人流方式，效果也不错。这对于惧怕手术的妇女来说，无疑是一福音。因此，相对而言，手术人工流产选择的余地更大，如由手术熟练的医生操作，成功率会更高。
