南板蓝根与板蓝根因为二者来源、成分和药理作用等方面是有区别的。
来源不同：板蓝根为十字花科植物菘蓝的干燥根。南板蓝根为爵床科植物马蓝的干燥根。
用量不同：板蓝根清热解毒，凉血利咽。用于温毒发斑、舌绛紫暗、痄腮、喉痹、烂喉丹痧、丹毒、痈肿等。常用量为9～15克，水煎服。南板蓝根功能与板蓝根相似，能清热解毒，凉血利咽。用于温毒发斑、风热感冒、咽喉肿痛、痄腮、丹毒、流行性乙型脑炎、肝炎等。常用量为10～30克。
药理作用有区别：板蓝根水浸液对金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、枯草杆菌、大肠杆菌、伤寒杆菌、甲型链球菌、肺炎双球菌、流感杆菌、脑膜炎双球菌均有抑制作用。板蓝根注射液对甲型流感病毒、乙型脑炎病毒、腮腺炎病毒、流感病毒有抑制感染及增殖作用，板蓝根还具有抗大肠杆菌内毒素的作用。从解热、抗炎试验结果比较，板蓝根的作用优于南板蓝根。目前有关南板蓝根的研究资料尚少，所以说，南板蓝根与北板蓝根是不可以互相替代的。
