一、组织病理学：
正常的结膜上皮有一层不规则的表面，CLPC表现为覆盖在乳头上的结膜上皮增厚，不规则地陷向基质，局部的杯状细胞数量减少，但是乳头间陷窝、粘液分泌因子增生肥大。正常细胞形状发生改变，细胞大小不规则，绒毛扁平粗糙，CLPC患者的组织病理学研究表明，中性粒细胞、嗜酸粒细胞、巨噬细胞和嗜碱粒细胞数量增多。
二、隐形眼镜沉淀膜
任何一种隐形眼镜在戴入眼睛后都会形成一层复合的沉淀物膜，该膜的形成相当迅速。严重的镜片沉淀膜的存在是巨乳头性结膜炎的一个特征，随着症状的明显化，镜片的沉淀膜越来越严重，患者将无法使其保持清洁。沉淀在镜片表面的变性蛋白质，特别是融菌酶蛋白，会起特异性免疫抗原作用。
三、病理生理学分析
目前的观点认为，CLPC的病理生理为：镜片覆盖沉淀物产生抗原刺激，引起泪液免疫球蛋白的产生，如IgG、IgE，如果严重的话，出现IgM，补体系统被激活形成C3A过敏毒素。除IgG、IgE和IgM外，补体C3A过敏毒素能与巨噬细胞和嗜碱粒细胞作用，引起血管活性胺的释放。
此外，沉淀物覆盖的镜片引起结膜机械损伤释放中性粒细胞趋化性因子，中性粒细胞趋化性因子将吸附各种细胞如嗜酸粒细胞、巨噬细胞、嗜碱粒细胞、淋巴细胞和基质细胞，这些细胞又与IgG、IgE和C3A作用，结果使血管活性胺释放，产生症状并进一步引起镜片的沉淀物。如此恶性循环，导致了CLPC的发生和加重。
