蜂蜜中可能有“肉毒杆菌”，会引起肉毒杆菌中毒。肉毒杆菌是一种罕见的、而且比较严重的、可以通过肉毒杆菌污染的食物传播疾病。
肉毒杆菌存在于土壤与灰尘中。蜜蜂在采取花粉酿蜜的过程中，可能会把带菌的花粉和毒素带回蜂箱，使蜂蜜受到肉毒杆菌的污染。所以蜂蜜中含有的肉毒杆菌芽孢数量非常高。研究表明极微量的肉毒杆菌就会使婴儿中毒。
虽然肉毒杆菌孢子本身并无毒性，但是当它进入婴儿体内之后，在胃肠里生长产生毒素，可导致中毒症，而婴儿与年龄稍大的孩子与成人不同，1岁以内的婴儿体内还没有形成完好的肠道微生态屏障来抵抗肉毒杆菌芽孢的侵袭，当宝宝摄取了有污染的蜂蜜后，就可能会引起中毒。
中毒宝宝主要表现为持续便秘，以至出现神经麻痹、哭泣微弱，呼吸困难等症状，非常危险。另外蜂蜜太甜会破坏宝宝正常胃口，会使宝宝不接受白开水，所以小婴儿不建议喂食蜂蜜。另外蜂蜜中含有激素类物质，长期使用有促进性早熟之疑。
