瘘道一旦形成，就应及时手术。手术的方法是清除瘘管，彻底消除瘘道内口以达到根治。如不能手术则应控制感染，防止发展，但一般很难根治。
1、 非手术疗法：（主要用于没有条件手术的肛瘘的患者）
1）针对致病菌口服或静滴抗生素。
2）外治法：通过局部熏洗、换药，促使肿痛消退，炎症吸收。能改善症状但不能根治。
2、 手术疗法：（是根治肛瘘最有效的方法）
1）肛瘘切开法。（主要用于低位单纯性肛瘘）
2）肛瘘切开挂线法。（主要用于高位单纯性肛瘘）
3）肛瘘切开挂线对口引流法。（主要用复杂性肛瘘）
