帕金森病的手术应在具有一定条件的医院开展，包括拥有磁共振、精确的立体定向系统及射频治疗系统、术中电生理监护系统、术中X线(C臂机)等，手术团队包括经验丰富的神经内科/运动障碍病的专科医生、临床心理医生及受过专门训练的神经外科及立体定向神经外科医生。
帕金森病的手术治疗仅适用于那些经过经验丰富的神经内科/运动障碍病专科医生治疗，尽管在充分、有效的药物治疗下，患者的运动功能障碍仍影响日常生活或工作。具体原则为：原发性帕金森病，左旋多巴制剂有效或曾经有效，药物“关”期每天累计超过2小时或异动时间每天累计超过2小时，每天服用左旋多巴在5次以上，或者包括左旋多巴、受体激动剂、COMT抑制剂等三种药物联合治疗下，患者仍有以下一种或多种情形者应考虑手术治疗：
(1)药物的症状控制效果不能持续完整一天;
(2)出现药物引起的异动症、剂末现象并妨碍运动功能;
(3)可预期的或不可预期的运动波动;
(4)药物不能完全控制的震颤;
(5)药物不能完全控制的肌张力障碍;
(6)病人的日常活动如工作、娱乐、家务等受到很大影响。
在满足上述条件的基础上，病人没有常规神经外科手术的禁忌症(出血倾向、感染等);没有明显智力障碍或精神性疾病，在手术过程中愿意并能够合作。
术前评估在帕金森病手术治疗中尤其重要，不但可以提前判断手术效果，还可以使家属对手术效果有合理的期望值。术前评估应由受过运动障碍病专科训练的神经内科医生及心理科医生完成。无论患者接受毁损手术治疗或脑深部电刺激治疗，术前患者都应接受全面完整的术前评估，以判断患者是否适合手术以及预测手术疗效及资料存档便于长期随访。患者在术前3-7天，分别评估药物“开”期和“关”期的运动及其他功能状况。常用评估量表包括UPDRS，Hoehn-Yahr量表，Schwab-England日常生活量表以及简明精神症状量表和Hamilton抑郁量表等。对于怀疑有认知功能障碍的病人，术前应评估患者的智力、记忆、理解、判断及操作功能。术前两周停用所有抗凝血制剂以减少术中出血，控制患者高血压、糖尿病等症状。
目前对帕金森病早期是否可以手术治疗，是一个很敏感的话题。首先我们应该界定早期的含义：通常指病史在5年以内、或者病史即使5年以上，但药物治疗有效且没有药物副作用，或者horn & Yahr 分级为1级时应该都是病情的早期。但对于原发性帕金森病患者，早期应用左旋多巴制剂控制症状效果很好，少量的药物就能明显改善帕金森病症状，此时没有必要接受手术治疗。以下情况例外：患者对所有抗帕金森病药物都有严重不良反应而无法接受药物治疗;有严重的震颤症状而且药物治疗无法控制症状者，为了改善其生活质量及工作能力，可以考虑早期干预。对于PARK基因阳性的年轻帕金森病患者，为了延缓长期服药导致副作用的时间，可以考虑早期手术治疗。
另外一个早期的概念是指帕金森病病人出现了开关现象、异动症等药物并发症的三年以内，2013年的新英格兰杂志发表的一篇文章证实，此时脑起搏器手术治疗效果要优于单纯的药物治疗。
除了病程以外，患者接受手术时的年龄对手术效果影响也很大。一般来讲，年轻的，偏身症状重，对左旋多巴的反应良好,全身健康状况比较好的病人手术效果较好;手术患者的年龄不宜过大，体质要比较好，头部CT、MRI无其他严重的脑实质性病变及脑萎缩。虽然年龄不是绝对限制,但身体素质还是很重要的。尽管手术本身不会造成病人死亡,但70岁以上，体质较差的患者术后容易出现的嗜睡和神智淡漠,有些患者会伴发肺部感染,高热,甚至有生命危险，这种悲剧是发生过的。特别是伴有高血压病、糖尿病、动脉硬化、心脏病和全身健康状况较差的病人术后发生并发症的情况会相对较多。
需要强调的是，由于移植术还处于试验阶段，目前临床应用的手术方法只是对症治疗，并不能真正治愈帕金森病，术后仍需药物治疗，但可以减少剂量。
