手术是治疗肛瘘的主要手段，手术治疗肛瘘的基本原则是去除病灶、通畅引流，尽可能减少肛管括约肌损伤，保护肛门功能。由于肛瘘的复杂性和一些特殊的病理背景，肛瘘术后有一定的复发率。
肛瘘手术后，又重新犯病的原因有以下几个方面：
1、内口复杂：即瘘内口二个或二个以上时，寻找内口不完全，导致复发。
2、瘘支管及其瘘空腔清除不彻底：即在手术中没有刮干净坏死组织或清除支管，即可导致复发。
3、内口处理不当：绝大多数是因为内口没有找准确，或没有把感染的原发灶即内口彻底清除。
4、肛门腺处理不当：据近年来的研究表明，肛门腺感染是肛瘘的重要病因，因此，要切除干净内口，以及内口附近有炎症的肛门腺及肛门腺导管。
